J1939 dan NMEA 2000 kedua-duanya berdasarkan protokol bas Rangkaian Kawasan Pengawal (CAN) dan berkongsi banyak persamaan, tetapi mereka mempunyai beberapa perbezaan penting juga.
J1939 ialah protokol yang direka untuk kenderaan tugas berat dan aplikasi industri, manakala NMEA 2000 ialah protokol yang direka khusus untuk aplikasi marin. Walaupun kedua-dua protokol menggunakan teknologi bas CAN asas yang sama, terdapat beberapa perbezaan utama dari segi jenis data yang dihantar, jenis peranti yang digunakan dan cara rangkaian dikonfigurasikan.
Salah satu perbezaan utama ialah cara peranti ditangani pada rangkaian. Dalam J1939, setiap peranti diberikan alamat unik, manakala dalam NMEA 2000, setiap peranti diberikan pengecam unik berdasarkan jenisnya, dan mesej dihantar ke jenis peranti tertentu dan bukannya alamat tertentu.
Perbezaan lain ialah jenis mesej yang disokong. J1939 menyokong pelbagai jenis mesej untuk jenis data yang berbeza, manakala NMEA 2000 memfokus terutamanya pada data marin seperti navigasi, enjin dan data cuaca.
Akhir sekali, terdapat perbezaan dalam penyambung fizikal dan kabel yang digunakan untuk kedua-dua protokol. J1939 biasanya menggunakan penyambung Deutsch dan kabel tugas berat, manakala NMEA 2000 menggunakan penyambung kalis air yang lebih kecil dan kabel nipis yang direka untuk digunakan dalam persekitaran marin.
